Разположен в живописна местност, на 437 метра н. в., с възрожденски къщи от двата бряга на не много пълноводната Мелнишка река, приток на Струма, Мелник е най-малкият град в България. От 550 души през 1934 година, населението до 2011 е намаляло до 217 души.
През античността тук има селище на тракийското племе меди, което през I-III в. бележи разцвет. През I-IV в. древният Мелник е център на императорско имение, включващо обширни земи по поречието на Струма. По това време тук се заселват и множество ветерани от тракийски и италийски произход.
Според акад. Иван Дуйчев, произходът на името Мелник е чисто славянски. Той идва от старинната славянска дума мел – бяла глина, която се свързва със скалите, сред които е разположен градът. През XI век градът е включен в границите на Византия. Като граничен между България и Византия град често сменя суверенитета си.
В началото на XIII век управителят на Западните Родопи Алексий Слав става независим владетел със столица в Мелник и градът е обграден с крепостни стени. А в средата на XIII век градът влиза в границите на Никейската империя.
През XIII век в Мелник са заточвани неколкократно цели родове на византийски аристократи, което променя състава на населението и архитектурния облик на града.
Тогава в града са действали над 70 църкви, а в околността е имало четири манастира. Три мъжки училища (от които едно българско) и едно девическо училище са възпитавали младежите през Възраждането. Градът е имал и много богата библиотека.
Според свидетелства на американски мисионери, посетили града през 1862 година, той има 1200 къщи, а жителите му „говорят на гръцки, но са цивилизовани и трудолюбиви“.
Градът е освободен от османско робство през Балканската война на 17 октомври 1912 година от четата на Яне Сандански.
В годините между 1913 и 1925 Мелник е околийски център. Но остава встрани от новия път по долината на Струма и постепенно запада. Занаятите и търговията замират, а болест опустошава лозовите масиви.
От 1968 година Мелник е обявен за град музей.
