Рилският манастир е един от най-значимите културни паметници в България, символ на страната, включен в списъка за световното наследство на ЮНЕСКО. Основан е през Х век от св. Йоан Рилски Чудотворец в горното течение на Рилска река. Сегашният манастир се намира в близост до село Пастра – недалеч от мястото на първоначалното му изграждане.
Това е най-големият манастир в България – 5 етажа, като видими са 4 от тях. Тази особеност на сградата се обяснява с ограниченията, наложени от османската власт през 1834 г., когато са строени сегашните сгради. В партерния етаж се разполага музеят.
Манастирът е построен на мястото на стара постница през 927 – 941 г. от св. Йоан Рилски Чудотворец, а според някои изследователи – от неговите ученици. В двора на днешния манастир през 1335 г. е издигната отбранителна кула и малка еднокорабна черква от местния феодален владетел протосеваст Хрельо. Кулата е най-старата запазена сграда в манастирския комплекс. На върха й се намира параклисът „Свето Преображение“ с ценни фрески от 30-те години на 14 век.
Цар Иван Шишман (1371 – 1393 г.) издава на 21 септември 1378 г. Рилската грамота, подписана и подпечатана със златен печат, с която дава на манастира като феодални владения 20 села, заедно със землищата им.
Още през 1402 г. османското правителство нарежда на кюстендилския кадия да потвърди съществуващите от по-рано права на обителта. Данъчен регистър от 1520 – 1521 г. изрежда поименно 21 живеещи там монаси. През 1469 г. с помощта на Мара Бранкович мощите на св. Йоан Рилски са пренесени обратно от Търново в Рилския манастир.
Още с основаването си манастирът става книжовно и просветно средище. Голяма педагогическа дейност в него развива Неофит Рилски, който през възраждането основава тук килийно училище.
Манастирът дава подслон на велики български революционери, сред които Васил Левски, Ильо войвода, Гоце Делчев, Пейо Яворов и др.
През 1778 г. манастирът „Св. Йоан Рилски“ става жертва на стихиен пожар. Възобновен е през 1784 г. от Алекси Рилец, който през 1816 – 1819 г. проектира и строи източното, северното и западното крило. Значителна част от манастира е опожарена отново през 1833 г., като възстановяването му отново е извършено от Алекси под ръководството на тогавашния игумен Йосиф Строителя. През 1840 г. е изработен нов иконостас на църквата от Петър Филипов, Антон Станишев и Димитър Станишев.
Според свидетелства на посетили манастира през 1862 година американски мисионери, там има 350 монаси, а в навечерието на Великден в него пребивават и 400 гости.
Днес ансамбълът на манастира обхваща територия от 8800 m², от които 5500 m² застроена площ. Манастирските крила, изградени по различно време на 4 и 5 етажа, заобикалят от всички страни единствения двор във форма на неправилен петоъгълник.
На около 5 км източно от манастира се намира Старата постница, при която е изградена църквата „Успение на свети Йоан Рилски“. През 1746 г. там, където се издига днешната църковна сграда, е била построена църква над мястото, считано за място на първоначалния гроб на светеца.
До църквата е пещерата-жилище на отшелника през Х в. През 1820 г. църквата е преизградена от основи като еднокорабна, едноапсидна сграда с преддверие до пещерата-постница.
Църквата е масивна и засводена, със слепи куполи. През 1820 г. църквата е изписана изцяло, но днес стенописите са силно повредени.
Освен че манастирът е давал подслон, в него са се провеждали заседания. През октомври 1905 г. в манастира цял месец е траел Рилският конгрес – общ конгрес на Тайната македоно-одринска революционна организация (ВМОРО), на който се дава оценка на досегашната дейност на организацията на Илинденското въстание, а има и бурни дискусии относно бъдещето на ВМОРО.
За председател на конгреса е бил определен изтъкнатият лидер Даме Груев, а в конгреса са участвали видни български революционери като Христо Чернопеев, Яне Сандански, Пере Тошев, Гьорче Петров, Борис Сарафов, Георги Попхристов, Петър Кушев, Мише Развигоров, Климент Шапкарев, Павел Христов, Добри Даскалов, Лазар Томов и др. След Рилския конгрес се стига до разцепление в Организацията, което става окончателно след героичната гибел на Груев през 1906 г.
На 22 юли 1961 г. Политбюро на ЦК на БКП взема решение Министерството на просветата и културата и Министерство на вътрешните работи да внесат предложение в Министерския съвет „Рилският манастир да се използва като държавен музей и се прекрати всякаква църковна дейност в него“.
С Указ на Народното събрание от 11 октомври 1961 г. Рилският манастир е обявен за общонародна собственост и е възложено на Министерството на просветата и културата да го превърне в Национален музей. Манастирът е обявен за Национален музей „Рилски манастир“ и тържествено открит през 1965 г.
Междувременно рилските монаси са преместени в Бачковския, Троянския и Преображенския манастир. През 1968 г. е разрешено на монасите да се завърнат в манастира и на 1 октомври 1968 г. те се завръщат в Рилския манастир, но притесненията над тях не престават.
През 1976 г. манастирът става национален исторически резерват, а от 1983 г. е културен паметник под егидата на ЮНЕСКО. С Постановление на Министерския съвет от 29 април 1991 г. се възстановява монашеският статут на Рилския манастир. На 3 май 1991 г. Великото Народно събрание със закон отменя указа от 1961 г.
