Разположена в центъра на столицата, в подлеза между храма „Света Неделя“ и ЦУМ, църквата „Света Петка Самарджийска“, частично вкопана в земята, е една от най-старите в страна и продължава да функционира и до днес. Стените й са дебели 1 метър. В основите й се намира крипта от 4 век – римска гробница, което свидетелства, че още в древността на това място е съществувала обредна култова сграда. По време на османското владичество храм „Св. Петка Самарджийска” е бил поддържан от еснафа на самарджиите в София, чийто квартал се намирал там и те се черкували в храма. Оттам идва и името й. Светицата е техен покровител.
Иконостасът е изработен от дебърски майстори. Има няколко слоя стенописи – от 14, 15 и 16 век. Последният слой е дело на св. Пимен Зографски. Реставрация на храма е правена през 70-те години на миналия век.
Писателят Николай Хайтов пръв лансира хипотеза, че в църквата е погребан Васил Левски. Основанията за тези твърдения, според изнесеното св Уикипедия, са спорни интерпретации на резултатите от проведените археологически разкопки през 1956 година и някои сведения в печата от 1937 година, препредаващи разказите на потомци на извършилите препогребването. През 80-те години на XX век се развива остра полемика по въпроса, но до окончателно решение не се стига, поради противоположно становище на Археологическия институт. Така на станалите разисквания в БАН не се приема единодушно становище.
Още през 90-те години на храма е поставена мраморна плоча с текст че тук „според народната памет е погребан В. Левски“, която по-късно изчезва.
На 18 февруари 2012 година с решение на Столичния общински съвет пред църквата е поставена и тържествено осветена нова паметна плоча с надпис: „В олтара на тази църква според народната памет и редица научни данни родолюбиви българи са погребали през 1873 г. Апостола на свободата Васил Левски Йеродякон Игнатий“. Добавката „редица научни данни“ е в разрез с решението на Столичния общински съвет.
Църквата е обявена през 1955 г. за паметник на културата.
